ランセ地方――かつてブショーが存在し争っていた時代は終わりを告げ、この地方ではトレーナーは「ポケモンジェネラル」と呼ばれていた。そんな地方の最果て、ハジメタウンでジェネラルレベルが最底辺の２である少年、エイジはある夜に謎のポケモンジガルデと出会い、そして運命を問われる。