ポケモンの中には正体不明の者でポケモンにも人間にも属さないものがいる。それはウルトラビーストというものだ。スカル団やエーテル財団はこれを研究しており、エーテル財団はその接触に成功した。しかしあるトレーナーのかかわりにより危険を感知しエーテル財団のボスが危険状態になってしまうのを阻止した。
しかしエーテル財団のボスはその後、衰弱化してしまっておりどうすることもできない状態になってしまった。
ポケモンが好きという理由でこのことを知っての理由で、リラ達が作ったチームがポケモントレーナーレンジャーズである。
アローラ地方の初代アローラポケモンチャンピオンになったユウマは今日もポケモンのゲットや強化に励んでいた。
「パチリス、スパーク！」
今日もグラジオとバトルの真っ最中、チャンピオン攻防戦の真っ最中である。
「なかなかやるね…」
「そっちこそ…でもこれはどうかな？」
ユウマがこういって転がるを命令した。これは流石に炎のシステムを入れたシルヴァディにはきつい傾向だろう。
なんと転がる3発で倒してしまった。
「やっぱりユウマは強いね」
「ううん、グラジオこそ…俺「転がる」出してなかったら負けてたよ」
「いつもそういってハウとかには容赦なかったよな…」
「………」
グラジオに図星をつかれてしまった。だってあれはライバルだから…。
「お前はところどころわかりやすいときとわかりにくいときがあるからな…」
そういって二人で歩いていると変なおじさんがなぜかいた。
「そこのぼうや…ちょいとお願いしたいことがあるのだが…」
「ん？」
「この怪しい手紙をリラ達のところに届けてはくれんか？リラ達はモーテルのところにおる」
リラという名前にユウマとグラジオは首をかしげる。いったい誰なのだろう。とにかくはいってみるしかない。
ということで二人で向かうことにした。そこでは最も危険なミッションが行われることになるとは知らずに………。