主要登場キャラクター
*みんちゅメンバー*
もえ(エネコ♀)
主人公。元々は人間の少女だったが、何らかの原因でポケモンになってしまった。さくと出会い、冒険をする中で、自らに纏わる謎を解き明かしていく。とても天然で、少々ドジなところがある。物に触れることで、対象に関わる夢が見える「時空の叫び」の能力を持つ。
さく(アチャモ♀)
准主人公。海岸で、偶然もえと出会い、探検隊「みんちゅ」を結成し、もえとともに冒険する。宝物である「遺跡の欠片」の謎を解き明かすのが夢。しっかり者だが、かなりの意気地なしである。
ミトン(ウパー♀)
みんちゅの隊員。滝壺の洞窟で、もえたちと出会う。おっとりとした性格で、助詞の抜けた敬語で話す癖がある。
うらら(ラクライ♀)
みんちゅの隊員。エレキ平原で、もえたちと出会う。明るい性格で、仲間思い。チームでは一番歳上のようで、もえたちのお姉さん的存在に。
*みんちゅメンバー以外の主要登場キャラクター*
きょう(ジュプトル♂)
時を司るとされる秘宝「時の歯車」を盗む悪党。ある目的で時の歯車を盗んでいるようだが、その目的は不明。冷酷非常に見えるが…?
やみよ(ヨノワール♂)
ある日彗星の如く現れた名探検家。チームを持たずともその実力は高く、何より物知りで優しくファンも多い。きょうを知っているようだが…?
あおい(ラプラス♀)
幻の大地への案内役で、親方の知り合い。時の海を渡ることができる。♀だが、一人称は「僕」で、丁寧な言葉遣いで話す。