異世界から帰ってきた俺達、だがなんだか様子がおかしいんだ！
突如制定されたPKM法、この世界にポケモンがいることを国家が認めた時代。
俺達はこの違和感のある世界で新たな生活を再開させる！
いつものメンバー茜、保美香、美柑、伊吹に加え、ナギーとカリンも加えてPKM新時代を俺達は生きる！

しかし知らなかった……この世界の裏に潜む悪意の大きさに！

第三部　突然始まるポケモン娘と歴史改変する物語、開幕！