『教皇』クワノ一世は、アルフの遺跡から発見された古文書『アンノーン手稿』を狙い、アルフの遺跡に併設された研究所を襲撃する。
　そして、その信者達と共に、かつて世間を震撼させたあの黒尽くめの男たちが、クワノの襲撃をアシストしていた。
　ロケット団の復活に、グリーンはそれとレッドの失踪の関連性を疑い、かつてのロケット団アジトに向かう。
　そして、ロケット団の復活と失踪事件を関連付ける少年がもうひとり……