自らを『教皇』クワノ一世と名乗るその大男は、シンオウ地方キッサキシティに存在する『キッサキしんでん』に信者を引き連れ侵入する。
　シンオウチャンピオンであるシロナは、因縁浅からぬクワノを捉えようとキッサキしんでんの前で待ち構える。
　それから少し経って、新しくトキワジムトレーナーとなったコウタと朝練をこなしたグリーンは、シオンタウンの『たましいのいえ』に向かおうとしていた……