バクフーン ♂ 一人称:俺 二人称:名前呼び 犯人の場合:アイツ・テメェ
名探偵バクフーンの主人公。ファイアの手持ちであった。頭には茶色いハンチングを被っている。ハンチングはファイアから貰ったもの。サントアンヌ号事件を解決した名探偵。グリーンのピジョットと共に、事件を解決している。

ピジョット ♂ 一人称:俺 二人称:名前呼び 犯人の場合:アンタ
名探偵バクフーンの第二主人公。グリーンの手持ちであった。首には、ピジョットナイトを着けている。バクフーンとは相棒的存在。時にはバクフーンに推理のヒントを与えることも。バクフーンとキュウコンの事は気になっている。

キュウコン ♀ 一人称:私 二人称:名前呼び 犯人の場合:アナタ
名探偵バクフーンのヒロイン的存在。リーフの手持ちであった。腕にはオレンジのスカーフを着けている。バクフーンにヒントを与えたりする。バクフーンのことが好き。推理の勘が当たる。





エーフィ ♀ 一人称:私 二人称:名前呼び・アナタ
バクフーン達の前に突然現れたポケモン。レッドの手持ちであった。いる場所場所を変えることが出来る。バクフーン達を試している模様。何を考えているのか、分からない。





ゼニガメ ♂ 一人称:俺 二人称:アンタ
サントアンヌ号で弟を殺すことを手伝った兄弟の兄。バクフーンを襲った犯人。サントアンヌ号の秘密地下室で、謎のピースを置いた者。何者かは謎である。

ゲンガー ♂ 一人称:俺 二人称:テメェ
グレン島のポケモン屋敷で無差別連続殺人事件を起こした犯人。謎のピースをバクフーンに投げ、自殺した。本当に自殺したのかは謎である。