道の代わりに水路が通っている港街・ナギサタウン。目覚めたリクはリーシャンが地下の街・カザアナタウンのジムリーダーに保護されたこと、自身が4日間も眠り続けていたこと、ヒナタがまだ戻っていないことを知り、ショックを受ける。ホトリと相談し、事件から手を引くことを決める。だがその夜、サザンドラがポケモンセンターを抜け出したことに気づく。リクは後を追い、道中で少年・ソラとキルリアに出会う。彼らの協力でサザンドラを追いかけると、彼は地下に戻ろうとしていた。ソラの助けを借り、リクはサザンドラを引き戻す。
　一方、ホトリはカザアナジムリーダー・リマルカと今後の相談をしていた。そして、敵であるノロシを引っ張り出すため、彼が執着しているヒナタのポケモン・サザンドラを利用することを決める。問題は気難しいサザンドラの手綱だが、彼はリクを家に帰すように、とヒナタに命じられている。リクを巻き込むこととなった。リマルカは賛同し、配下のジムトレーナー・ソラを、リクの護衛兼監視に回すと約束する。
　翌日、ホトリは水路のポケモンの保護をしていた。地震の影響で水路の流れが変わり、このままでは地下に流れ落ちてしまうためである。ホトリと会話したリクは、このまま帰って良いのかと悩む。そんな中、街は敵であるノロシ・イミビの襲撃を受ける。保護活動のため封鎖されていた水路が解放され、ポケモン達が流されてしまう。サザンドラは飛び出し、ノロシと交戦するも劣勢。リクはソラの協力も得てフォローし、ノロシを撃退する。ホトリはイミビを倒すが、突然バルジーナの急襲を受け逃がしてしまう。
　その後、ホトリの提案により、リクはゴートシティの強力なジムリーダーに保護されることとなった。昨夜の一件で、ノロシに目をつけられたため、というのが表向きの理由である。ルーローで迎えと合流する予定で、案内役のソラと旅立った。