ホウエンはカナズミシティで巻き起こる連続殺人事件。

　その重要参考人として事件現場にいた男には自分に関する記憶が一切なかった。銀色の髪と赤い眼を持つ「Ｄ０１５」の刻印のある彼は何者なのか。

　ツワブキ家へと預けられることになった、通称「ツワブキ・ダイゴ」。

　彼は本格的にツワブキ家の一員になる前にヒグチ家へと招かれる。

　そこで彼は「笑顔」を知る。

　ダイゴは自身を襲ってきたエルレイドと共に戦いを挑む。
　その相手は自分と全く同じ姿をしていた。

　語られるＤ計画と「ツワブキ・ダイゴ」の意味。真に恐れるべきは過去の記憶か幻影か。

　サキはプラターヌ博士という切り札を手に入れた。彼から語られるネオロケット団なる存在、四十年前の第一回ポケモンリーグの真相。
「ツワブキ・ダイゴ」の真実の扉へとサキは立ち向かう。

　ヒグチ・マコは姉のサキの失踪に疑問を呈し、自ら調べようとする。

　しかしそれはツワブキ家、ひいてはこの街の暗部へと踏み込む行為だった。闇の向こうに光はあるのか？

　サキは奇跡的に生き残り、プラターヌと共に再起の時を狙う。

　一方、ダイゴは初代死亡の真実を求め、ツワブキ・イッシンに辿り着く。

　新たなる戦いの火蓋が切って落とされようとしていた。

　ダイゴはツワブキ家の長兄、ツワブキ・コウヤから情報を得るためにポケモンの化石による代理バトルを申し込む。

　一方、クオンはダイゴの支援をするために誰を味方につけるべきか悩んでいた。

　願いと争いは等価なのか。

　クオンとディズィーはネオロケット団総帥、通称「キャプテン」の作戦に参加する事を決意する。

　一方、ダイゴはツワブキ家と決着をつけるためコノハの助けを受けてデボンに突入する。

　もう後には引けない、物語が加速する。

　半年後のホウエン。デボンの支配が盤石となり、カナズミシティは兵装を蓄えたデボンを前に反政府運動が摘み取られていた。

　サキはデボンの隙をつける機会を窺い、ダイゴはキャプテンの指揮の下、メガシンカを習得すべく行動する。

　反抗のために戦う人々の運命はどこへ向かうのか。

　ツワブキ・ダイゴ。その帰るべき場所、魂は何処へ。

　狂気の物語は想いの果てに終わりを告げる。