――二人が出会う事は恐らく運命に刻まれていた。

　王の崩御。そして一人の少年が旅立つ。

　ついに始まる第一回ポケモンリーグ。ユキナリはライバル達と肩を並べることができるのか。強者がユキナリの強さを試すために立ち塞がる。果たして、ユキナリとキバゴの命運は……。

　ポケモンリーグ二日目。オツキミ山越えを目指す一行にキクコと名乗る少女が合流する。キクコの素性も分からぬまま、一同はロケット団と呼ばれる組織と戦闘に巻き込まれることとなる。捩じれた戦いの連鎖に、ユキナリ達は……。

　ハナダジムに挑戦するナツキ。絶対に負けられない信念がお互いのポケモンの闘志となって水際で乱舞する。
　一方、暗躍するロケット団は新たなる作戦対象としてソネザキ・マサキを狙っていた。マサキ奪取作戦に巻き込まれるユキナリ達。その瞳が向かう先はどこなのか。

　制御を離れたオノンドと共に、ユキナリは次の街、シオンタウンにて手持ちと向き合う覚悟をする。ナツキは一方で重篤のアデクから想いを告げられ揺らぐ心を持て余す。
　イワヤマトンネルにて一行は奇妙な少年と出会う。少年はモンスターボール職人の一門、ガンテツと名乗ったが……。

　出会いと戦いが伝説の胎動を予感させる。

　ユキナリ達はヤマブキシティを根城とする組織の足取りを掴むため奔走する。一方、ナツキとキクコはこれからどうするべきか、お互いのポケモンと向き合い決めようとする。その道を阻むのはキクコにとっては恩師であり、ナツキにとっては未知との敵だった。

　それぞれの志が光を帯び、義憤の章が幕を開ける。

　今明らかとなる王の死の真相。ネメシスの語る不浄の地、カントー建国の理由とは何か。この世の知られざる歴史が明らかとなる時、観測者は震撼する。

　暗躍するロケット団とヘキサ、歴史を強制しようとするネメシス。ヤナギは力を求め、ユキナリは己の夢をかなえるために行動を続ける。

　生きるため、これからを貫くための戦いは激化し少年に覚醒を促す。

　その時、少年の瞳に何が映るのか。

　滅びの訪れはたった一体のポケモンとフジ博士と名乗る青年によって防がれた。だが世界は再び混迷の渦へと巻きこまれることになる。その中で希望の象徴として立とうとするヤナギ。自らのできることを模索する人々の物語はどのような結末を描くのか。

　物語は新生する。

　奪還作戦が強行され、再生されたユキナリだったが人々の思惑についていけずキクコと共に逃げてしまう。果たして彼は再生のその先に待ち受けている災禍の向かう先に何を見るのか。

　物語は次々と壊れていく。

　回収されたユキナリはナツキから真相を聞かされる。フジの死とミュウツーの死を抱えてユキナリは前に歩もうとする。その道をヤナギは戦いをもって示そうと臨んだ。

　これまで抗い相克し続けた二人が、遂に雌雄を決す。

　第一回ポケモンリーグ終盤。強者達がトキワシティに集い、最終決戦の幕が上がる。それぞれの夢を賭けた最後の戦いに赴くユキナリは最強の敵と合見えることとなる。

　全ての夢と物語が交錯し、「手強い者達の夢」は永久になる。