カントーはブレイブヘキサを設立し発言力を増したカイヘン地方の前に煮え湯を飲まされていた。思想犯の弾圧が行われ、カントーは最悪の場所へと転がり落ちていく。

　その中で、呪われた名前を持つ少女がいた。

　ノアはヤミカラスの〈キキ〉という力を手に入れる。しかし、彼女の求めるもののためにはさらにこの刑務所の深部へと乗り込む覚悟が必要だった。だがノアは深淵を覗く時、深淵もまた自分を覗いている事にまだ気がついていなかった。

　ノアが殺人罪で独房に入れられている頃、イシス・イシュタルは「あの人」の一手としてノア無力化のために放たれていたが、彼女にはある猜疑心があった。なぜ、自分がノアを憎んでいるのか。彼女はそれを知的探求たいがために挑む。

　独房から出たノアはイシスと共に「あの人」への反逆を企てるが、それを許すような相手ではなかった。この世で最も忌避すべきもの、「無害なる者」が二人を襲う。

　ノアは自分を狙っているのが国際警察だと知り、ある策を用意する。一方、リョウとルイはふたご島刑務所へと訪れていた。

　策謀の糸が絡まり合い、力と強さが試される。

　ノアズアークプログラムの中枢として、クラックの能力を手に入れたヨハネはグレンタウンにて三人の男達と出会う。彼らは「この世界が間違っている」という共通認識を持っていた。

　一方、ヨハネを追いグレンタウンへと到着したリョウとルイはそこで不可思議な攻撃を受ける。果たして敵の目的とは何なのか。

　ノストラの死を感じ、最後の使徒、ノヴァとヨハネは約束の時を待つ。ノア達はトキワシティを訪れるが、不穏な敵の影に果敢に立ち向かう。最後の使徒、ノヴァの能力とは？　そしてキシベとヨハネは過去にどのようにして会したのか。今、明らかになる真実に彼女達は戦く。

　人は皆、誰一人として孤独ではない。