ランセ地方――かつてブショーが存在し争っていた時代は終わりを告げ、この地方ではトレーナーは「ポケモンジェネラル」と呼ばれていた。そんな地方の最果て、ハジメタウンでジェネラルレベルが最底辺の２である少年、エイジはある夜に謎のポケモンジガルデと出会い、そして運命を問われる。

　エイジは秘密結社ザイレムのエージェントによって攫われてしまう。残されたダムドとリッカは彼を救い出すため、一時的に手を組み、策を巡らせるのだった。

　一方、エイジはザイレム室長、サガラよりジガルデの真の意味を聞かされる。果たして、戦いは……。

　エイジはこの大いなる戦局を戦い抜くため、ジガルデコアとセルを集める旅に出ることを決意する。

　しかし、その旅立ちの前に屹立するのは巨大なる試練であった。

　自らに課した枷を解くため、エイジは立ち向かう。

　エイジ達とジャックジェネラル、レオン・ガルムハートは激突の時を迎えつつあった。
　一方、次なる街を訪れたエイジ達は地下組織、ギンガ団に襲われている少女達と出くわす。

　その運命は……。

レオンがザイレムを離反したのと奇しくも同刻――ノノとネネはある少女に襲われていた。

　ハートのコアを宿しし、その少女の名はリコリス。

　ジガルデコアの、宿主――。