少年、ヨハネはストリートチルドレンであるマチエールと出会う。

　時を同じくして巷を騒がせる「仮面の怪人」の噂とそれと戦う怪物が目撃されていた。

　ミアレシティに何が起ころうとしているのか。戦いが始まる。

　ミアレの街を飛び回る新たなる敵にマチエールとヨハネは翻弄される。
　その末にマチエールは自分を遣わした「アイツ」へとヨハネに会うように促すのだが……。

街の謎を追うトップ屋、イイヅカ。

ミアレで頻発する事件に着目した彼はさらなる深淵を目にすることになる。

戦いは激化し、エスプリに新たなる力の覚醒を促させる。

ミアレの街は何を望むのか。

　超速度を持つEアームズ使いにエスプリはまだ試していない未知のユニゾン、アギルダーとのユニゾンを試そうとするが、それは茨道の始まりであった。

　フレア団が躍起になって追っている野生ポケモン、クリムガン。
　そのポケモンに可能性を見ているフレア団と街を守るべきとするエスプリ達はぶつかり合う。
　クリムガンの力を得るのはどちらか。

　マチエールはかつて自分のせいで死んだというハンサムの命令に衝き動かされ、ヨハネの敵に回ろうとする。
　かつて何が起こったのか。
「始まりの夜」の物語が紡がれる。

　フレア団に復讐を誓う少女、コルニとその相棒、ルチャブルの〈チャコ〉。

　エスプリとの出会いは、新たなる戦士の胎動を予感させる。

　特異点、オーキド博士。フレア団がわざわざ重要人物として誘拐したのは四十年前のある事実が目されていたからであった。

　一方、エスプリは街に現れるEアームズポケモンを対処すべく動くが……。

　舞い戻ってきたエスプリであったが、ルイ・オルタナティブとの不和とヨハネとのすれ違いに孤独を深めていく。

　その中で戦いの激化にマチエールは新たなる力を求めるのであった。

　願いは深化する。

　新たに開放されていくデルタユニゾンシステム。進化し続けるフレアエクスターミネータースーツに翻弄されるヨハネとマチエール。

　デルタユニゾンを使えば使うほどに戻れなくなる事を痛感していながら、彼女らは進む足を止める事は出来なかった。

　そして、黙示の時が訪れる。

　エスプリの編み出した赤の金のユニゾンは大きな破壊の爪痕をミアレの街に刻み込んだ。

　灼熱と憎悪に沈む混沌の街で真の恐怖を克服するため、人々は奔走する。

　ミアレの街を染めるのは最大の敵。

　人ならざる者達「アドバンスド」の陰謀に絶望に染まる。

　ミアレの街を濡らす涙はヨハネの過去に繋がっていた。彼の闇が直視される時、運命は動き出す。

　己の理想のために動くフラダリ。最終兵器発射へのカウントダウンが迫る中、エスプリとイグニスは最後の戦いに赴く。

　美しきものだけが残る新世界が待ち受けているのか、あるいはこの世の邪悪が待ち構えているのか。

　終焉が迫る中、世界の命運は二人の少女と助手に託された。