チャンピオンのグリーンが挑戦者レッドに敗北し、ある事件を起こしたことがキッカケでセキエイリーグは一時休止に追い込まれる。
そのグリーンはクビ、四天王は解散……ワタルが繰り上がってチャンピオンに就任することに。
世間が冷ややかな目を向ける中、ワタルはセキエイを立て直すべく動き出すが、ポケモンバトルに反対するNPO法人「鳳凰会」が行く手を阻む！※2013.07.30 加筆修正

セキエイ２年目のお話。
各メインキャラと相棒ポケモンにスポットを当てた、ヒューマンドラマ的なエピソードが中心です。

トキワシティの児童養護施設でヒーローステージショーをやることになったワタルと四天王。
安請負いしたものの、ポケモンバトルすらない三文芝居に四天王はやる気がない。
さらに本番直前、ワタルは施設で暮らすシルバーにポケモン免許証を盗まれてしまう……！

梅雨入り頃、イツキはスランプに悩まされていた。手持ちを研究され、負けが続く日々。
そしてついに自暴自棄になった彼は、相棒のネイティオを置いてセキエイを飛び出してしまった。
そのまま仕事を拒否し、謹慎処分を受けてしまう彼だが、あることをキッカケに復活を決意。
なんとか自分を変えようと、ベテランジムリーダーのヤナギに弟子入りを志願するのだが……。

アンズは少しずつ、四天王キョウの娘であることにプレッシャーを感じていた。
周囲からの期待は彼女にとって「誇り」から「負担」に変わり、父親との不和さえ生んでしまう。
一方で、キョウも親の重圧に苦しんだ自身の過去を思い出しつつ、娘の扱いに悩んでいた。
二人の距離は離れたまま夏休みに突入し、アンズは地元夏祭りのポケモンバトル大会にエントリーするのだが……。

プロ同士が戦うマスターシリーズ最終戦、ワタル対シバの試合が行われていた。
そこでシバは相棒のカイリキーに無理をさせてしまい、彼は腕を骨折。来季絶望の可能性が出てくる。
ストイックでポケモンに厳しかった彼だが、相棒の負傷に動揺。
ワタルも罪悪感に苛まれ、二人の間に生まれた亀裂は次第に他の仲間にも影響していく。

貧困層に生まれたカリンは、美貌と天才的なポケモンバトルの実力を以って社会的な地位を手に入れた。
幼い頃に思い描いた生活に満足しつつ、ひとつだけ足りないのは“恋愛”だけ。
近寄るクリスマスに心は逸り、ついに紅一点がセキエイメンバーの均衡を乱す？

新生セキエイも三年目のシーズンに突入しようとしていた春、
マスターシリーズのワタル無敗記録を懸念した総監は四天王にフェアリータイプの転向を言い渡すが、当然誰も従わない。
そこで、かつてカロスに留学していたグリーンに白羽の矢が立つことに……！

三年前、一人の少年の活躍によって一時壊滅状態に陥ったロケット団はミュウツーや各地の暴力団を傘下に収め、着々と復活の準備を進めていた。不穏な事件が勃発し、やがて危機的状況に人々が絶望する中、この窮地を救う“ヒーロー”は現れるのか？