物語の序曲を奏でるのは、12個の流れ星。
　新しく探検隊となった3人のポケモン達の物語が、始まる。

　神話で語られ、そして未だ一部のポケモンに引き継がれているという、3種類の力。
　その力は、サファイア達にとって決して無関係なものではないようで――

　1年前？　に書いたクリスマス短編を修正投下。

　宝石回収に向かった霧の湖。そこで、サファイアの真実の断片が明かされた。
　早く残りの宝石も集めようと意気込む中で、その歩みを鈍らせるものは過去の夢。

　そして、とある依頼がエレッタの過去を紐解くことになるとは、本人以外は知る由もない――

　一連の蒸発事件の犯人と、ニンゲン時代のサファイアを知る者がエスターズの元に現れる。
　そして、ミラの口から語られた彼女の過去が、サファイア達を追いつめて――

　3人の危うい絆は、どこまで耐えられる？

　ひとまず困難を乗り越えたサファイア達は、いつも通り探検活動に精を出す。
　そんな3人の元に届いたのは、宝石の手がかりと真実のパズルのピース。
　ルクスにレイダー、レオ、ハーブ……

　散りばめられたピースが揃うまで、あと少し。

五章ラストの翌日、サファイア達は休日を設けた。
その日の三人の行動は、それぞれ違ったようで……

ついに宝石集めも残すところあと2つ。だが、自らの運命を知ったサファイアの表情は晴れることはない。
一方で、ハーブもマロンと共に行動を起こす。サファイア達を守るため。そして、自らに課した役目を果たすために。