人の手を離れまもないルートとブラッキーの《クロト》。トレーナーのもとにいた頃から仲の悪かった彼らがタッグを組みバトルをしている。当然彼らのチームワークでバトルがスムーズになどいくはずなくピンチに。そんな時、クロトがとった行動は……。