行方不明となったレッドの手がかりは何一つ残されておらず、グリーンは彼が残したピカチュウの面倒を見ることを決める。
　ちょうどその頃、アローラの神に戦いを捧げるためにカントーを訪れたと語る男が、その対戦相手であるレッドを探しているのだとグリーンの家を訪れ……

　レッド捜索の手がかりを得るためにコガネシティに存在するマサキの実家に訪れたグリーンは、そこでレッド以外の殿堂入りトレーナーも同じように姿を消していることを知る。
　その後コガネシティを後にしようとしたグリーンはコガネジムリーダーであるアカネに半ば強引に連れ去られ、あるトレーナーの悩み相談をすることになるのだが……

　自らを『教皇』クワノ一世と名乗るその大男は、シンオウ地方キッサキシティに存在する『キッサキしんでん』に信者を引き連れ侵入する。
　シンオウチャンピオンであるシロナは、因縁浅からぬクワノを捉えようとキッサキしんでんの前で待ち構える。
　それから少し経って、新しくトキワジムトレーナーとなったコウタと朝練をこなしたグリーンは、シオンタウンの『たましいのいえ』に向かおうとしていた……

　『教皇』クワノ一世は、アルフの遺跡から発見された古文書『アンノーン手稿』を狙い、アルフの遺跡に併設された研究所を襲撃する。
　そして、その信者達と共に、かつて世間を震撼させたあの黒尽くめの男たちが、クワノの襲撃をアシストしていた。
　ロケット団の復活に、グリーンはそれとレッドの失踪の関連性を疑い、かつてのロケット団アジトに向かう。
　そして、ロケット団の復活と失踪事件を関連付ける少年がもうひとり……

　エンジュジムを訪れていたグリーンは、『教皇』クワノ一世による『エンジュを中心とするホウオウ信仰の破壊』に巻き込まれる
　スズのとう最上階でクワノを追い詰めたグリーンが目にしたクワノの切り札と、新たな敵とは……

ウツギ研究所を訪れていたシルバーは、ロケット団の襲撃を迎え撃つ。
撤退したロケット団を追った彼に接触する女は、その少年の弱さを的確に突いた……